Las alergias alimentarias aparecen debido a que se produce un fallo en la tolerancia del sistema inmune por varios posibles factores:
- La genética de las personas
- El estado de la barrera de la mucosa intestinal
- La edad
- La cantidad y forma de presentación del alimento
Cuando la persona alérgica consume el alimento que causa la reacción, el alérgeno se vincula a la IgE que se encuentra en la superficie de los basófilos y los mastocitos. En ese momento los activa y se produce la liberación de la histamina y de otras sustancias inflamatorias que son los responsables de que aparezcan las reacciones alérgicas.

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